阿仁川
秋田内陸線沿いに秋田県の中央を縦断する米代川の有力支流で、打当川や太平湖、小又川、小阿仁川などの広い流域を阿仁川漁協で管理している。食味に定評のある阿仁川アユやサクラマス、イワナ、ヤマメなどを狙える。
八郎潟
大規模干拓事業により大部分が大潟村になった八郎潟（はちろうがた）。現在残るのは周囲を巡る西部承水路（せいぶしょうすいろ）と東部承水路（とうぶしょうすいろ）、そして南部の八郎潟調整池。八郎潟干拓防潮水門から船越水道を経て男鹿半島南側の日本海へと通じている。冬場はワカサギ釣りが人気。春から秋はマブナ、ヘラブナ、コイやブラックバスなどを狙うことができる。
馬場目川
秋田県の中央部、太平山県立自然公園内馬場目岳を源流として五城目町を流れる。平ノ下付近までの中流域は稚魚放流と天然遡上汲み上げのアユ、上流から源流ではイワナ、ヤマメにニジマスも狙える。
旭川
大平山を源として秋田市街の雄物川へ流れる旭川に漁協はなく、藤倉水源地から松原頭首工の区間で旭川清流友の会がアユを放流している。。
岩見川
奥羽本線・四ツ屋付近で雄物川から分かれ、下流域はアユ釣り場。中流域より本支流でヤマメ、イワナが釣れるようになり、岩見ダム上流はイワナの沢になる。
美山湖
大仙市の淀川上流、協和ダム・美山湖にはニジマス、イワナ、ヤマメが生息する。仙北西部漁協が管轄し、イワナ、ヤマメは遊漁期間があるが、ニジマスについては禁漁期が無く、年中釣りを楽しめることで人気がある。
桧木内川
城下町・角館で玉川から分かれる桧木内（ひのきない）川。殿さまあゆのブランド鮎でも知られる。支流の各沢ではイワナ、ヤマメを狙える。
生保内川
秋田新幹線沿いを流れる生保内川の本支流でアユ、ヤマメ、イワナを狙える。また、北桧木内川を挟んで北側には乳頭温泉郷。田沢湖高原を流れる先達川も田沢湖漁協の管轄。
丸子川、斉内川
大仙市の旧大曲市、中仙町、太田町、仙北町と美郷町、千畑町、仙南村の雄物川、丸子川、斉内川、善知鳥川等は仙北漁協の管轄。特に斉内川上流の真木渓谷は風光明媚な環境でイワナ、ヤマメを狙うことができる。
子吉川水系
出羽富士・鳥海山の麓から由利本荘市に流れる子吉川水系は一水系一漁協として子吉川水系漁協が管理している。アユ、サクラマス、ヤマメ、イワナにモクズガニ漁なども盛んな豊かな河川環境を誇る。